O objetivo principal do Programa de Pós-graduação em Bioquímica e Biotecnologia é formar mestres e doutores altamente qualificados em Biotecnologia, com uma sólida base teórico-prática em Bioquímica e Biologia Molecular. O Programa forma profissionais extremamente capacitados para atuar em ambientes industriais de empresas privadas, em ações de empreendedorismo, bem como nos campos científico, de pesquisa, desenvolvimento tecnológico e docência em instituições públicas e privadas diversas.

Assim, os objetivos específicos do PPG/BQB são: desenvolver e aprimorar competências teórico-práticas em Bioquímica e Biologia Molecular; promover a formação de habilidades técnicas em Biotecnologia; estimular a inovação tecnológica e o empreendedorismo; desenvolver a capacidade de atuar em pesquisa científica; estimular a formação docente e pedagógica; estimular a formação ética em Biotecnologia; promover e fortalecer redes de colaborações nacionais e internacionais; promover a interação entre a academia e a sociedade; estimular a produção e disseminação do conhecimento científico.